Nogle gange, når du programmerer bearbejdning, kan du støde på en situation, hvor en gruppe af programsegmenter optræder flere gange i et enkelt program eller bruges i flere programmer. Vi kan udtrække denne gruppe af programsegmenter, navngive dem og gemme dem separat; denne gruppe af programsegmenter kaldes en underrutine. En subrutine er et bearbejdningsprogramsegment, som kan kaldes af passende værktøjsmaskiners kontrolinstruktioner, og det har generelt en selvstændig betydning under bearbejdning. Bearbejdningsprogrammet, der indeholder instruktionen om at kalde subrutinen på første-niveau, kaldes hovedprogrammet. Instruktionen om at kalde en subrutine er også et programsegment, som generelt består af subrutineopkaldsinstruktionen, subrutinenavnet og antallet af opkald. De specifikke regler og formater varierer afhængigt af systemet. For den samme instruktion "ring subrutine nummer 55 én gang," bruger FANUC-systemet "M98 P55.", mens det amerikanske AB-system bruger "P55x."
Subrutiner kan indlejres, det vil sige ét niveau inde i et andet. Forholdet mellem det øvre og det nedre niveau er det samme som forholdet mellem hovedprogrammet og subrutinen på første-niveau. Det maksimale antal indlejrede niveauer bestemmes af det specifikke CNC-system. Formen og sammensætningen af en subrutine er stort set den samme som dem i hovedprogrammet: den første linje er subrutinenummeret (navn), og den sidste linje er instruktionen "subrutine end" med subrutinelegemet imellem. Hovedprogrammets slutinstruktion afslutter dog hovedprogrammet og nulstiller CNC-systemet; dens instruktioner er standardiserede, hvor hvert system bruger M02 eller M30. Underrutineafslutningsinstruktionen afslutter på den anden side underrutinen og vender tilbage til hovedprogrammet eller den forrige underrutine. Dets instruktioner varierer på tværs af systemer; for eksempel bruger FANUC-systemer M99, Siemens-systemer bruger M17, og AB (amerikanske A/B)-systemer bruger M02.
